Bueno mi caso es el siguiente, al tener un disco duro de 40 GB con un particion de 5 para restauracion del sistema y una hermana que le mete basura y media a mi maquna tuve que comprar un disco duro extraible.
Un amigo me recomendo meterlo como disco duro esclavo al ya existente, sin embargo yo queria un disco USB para mayor "comodidad" todo iba de maravilla hasta que hace un par de años mi disco comenzo a comportarse de manera erratica llegando al grado de que no lo reconocia mi computadora.
Durante un par de dias mi disco no reacciono y de buenas a primeras de nuevo comenzo a funcionar de maravilla, esto se lo atribui a que en ocasiones no saque el disco con el extractor de hardware de manera segura y simplemente apagaba la computadora y despues el disco, teniendo como referencia que los USB se dan en la torre al hacer esto, pense que mi disco ya habia pasado a mejor vida, sin embargo cuando empeso a funcionar de nuevo no le di importancia.
Mi disco a a partir de ahi funciona bien pero en los ultimos dias a empesado de nuevo su funcionamiento erratico, cuando pongo algun archivo (sobre todo de musica que es lo que mas uso) a veces las canciones se cortan e incluso la maquina se queda pasmada por momentos, hace un par de dias me aparecio el terrorifico mensaje del error de escritura del archivo $Mft y sinseramente no tengo ni idea de que sea eso, lo unico que se es que cada que pasa mi maquina se queda pasmada y no jala, tengo que desconectar mi disco a la fuerza y mi computadora reacciona, me gustaria saber que cuernos pasa y de ser nesesario tener que cambiar el disco, por que si les soy sinsero si algo le pasa a la informacion que tengo de plano me aviento al tren.. espero que me puedan ayudar a explicarme o a reparar esto que ya me tiene desesperado.
He tratado de usar el CHKDSC sin embargo cuando tengo el disco conectado el buteo de la maquina trata de jalar windows desde el extraible y no desde el disco local por lo tanto no arranca windows, asi que no se como pueda arreglar esto, tambien he pensado en desfracmentarlo y no se si sirva de algo.

- Para que no te inicie el boteo desde el USB debes acceder a la BIOS y cambiar el orden de Boteo para que en primer lugar esté el CD/DVD y luego el disco duro.

- Puedes probar a quitar el disco duro de la carcasa USB para conectarlo al Ordenador y copiar los datos importantes antes de realizar un chequeo y desfragmentación de este.

Ya lo trate de meter como esclavo el problema es q es un disco IDE el local y el externo SATA..
Un amigo me paso un disco IDE para respaldar mis datos pero esta dañado, por lo q tendre q esperar un poco mas, por el momento mi disco funciona bien mientras q no elimine nada ya q si lo hago la papelera no me deja extraer el disco de manera segura, ya le meti tanto CHKDSK como desfragmentador y de alguna forma se alivio un poco la situacion.
Muchas gracias por la respuesta man, se agradece.

- Chequea también que no se esté usando la unidad USB como unidad para almacenar los puntos de restauración del sistema. De ser así lo desactivas para esa unidad.

- También puedes desactivar la papelera para esa unidad pero teniendo en cuenta que todo lo que borres del USB se borra definitivamente y no se almacena en la papelera.

Es un buen punto el de los puntos de restauracion voy a probarlo por q mi BIOS esta configurado para reconocer al disco como unidad de almacenamiento y no como disco duro pero a la mejor tienes razon.
Lo de la papelera ya lo intente pero tan solo con darle el click derecho a la papelera se agarro mi disco como politico a bono de final de sexenio -no lo solto pero ni a golpes- ahora para evitarme de broncas mejor lo q elimino lo paso al disco local y ya cuando libero el disco elimino todo de una ves... como ves ya hasta tengo la tecnica.

- Realiza lo comentado y después intenta hacer un análisis del disco y una desfragmentación a ver si mejora o empeora.

Arregle lo de la papelera pir q como dijiste se estaban guardando recuperaciones de sistema en el USB asi q las inhabilite y santo remedio, el otro dia meti el CHDSK para arreglar sectores dañados y al terminar lo quite, tiempo despues hise lo mismo pero al terminar la reparacion de sectores si lo ocupe y ahi se atoro y no me dejo sacarlo de manera segura.
Habra sido por el punto de restauracion?

- Puede ser que el sistema estuviera usando aún el disco duro USB o que estuviera intentando crear un punto de restauración. Comprueba de nuevo si se ha activado la unidad para crear en ella puntos de recuperación.